南京鐵道職業(yè)技術學院最好的專業(yè)有：
中央財政支持建設重點專業(yè)：鐵道通信信號、高速動車檢修技術。
全國鐵道行業(yè)高職高專教學改革試點專業(yè)：鐵道交通運營管理。
江蘇省級重點專業(yè)群：鐵道交通運營管理、鐵道信號與控制、鐵道機車車輛。
江蘇省級示范高職院重點建設專業(yè)：鐵道交通運營管理、鐵道通信信號、鐵道機車車輛。