截至2017年11月，上海海洋大學下設15個學院（部），設置39個本科專業(yè)及方向。專業(yè)包括：環(huán)境科學、生物技術、生物科學、生物科學（海洋生物）、水族科學與技術、水生動物醫(yī)學、動物科學、水產(chǎn)養(yǎng)殖學、園林、海洋漁業(yè)科學與技術、環(huán)境工程、海洋技術、海洋技術（海洋測繪）、海洋科學（海洋管理）。