細胞進行有氧呼吸的主要場所在線粒體內。無氧呼吸主要在細胞基質內。有的原核生物，如硝化細菌和根瘤菌，雖然沒有線粒體，但卻含有全套的與有氧呼吸有關的酶，這些酶分布在細胞質基質和細胞膜上，因此，這些細胞是可以進行有氧呼吸的。